О каком субъекте Федерации идет речь? Столица субъекта Федерации расположена на крупной реке бассейна...

Речь идет о городе Хабаровск, который является административным центром Хабаровского края.

Из описания в вопросе можно выделить два разных субъекта Федерации с их соответствующими столицами и особенностями.

1. Первый субъект Федерации:

• Столица расположена на крупной реке бассейна Тихого океана: Речь идет о городе Хабаровск, который является столицей Хабаровского края. Город расположен на реке Амур.
• Крупный машиностроительный центр Дальнего Востока: Хабаровск является важным промышленным центром, где развита машиностроительная и металлообрабатывающая промышленность.
• Смешанные и хвойные леса маньчжурского типа: Такие леса характерны для Хабаровского края.
• Крупная ГЭС: В Хабаровском крае расположена Бурейская ГЭС.
• Сельское хозяйство, растениеводство (пшеница и соя): В регионе развито растениеводство, в том числе выращивание сои.
• Транссибирская магистраль: Проходит через территорию Хабаровского края.

1. Второй город:

• Город с 1939 года: Имеется в виду Магадан.
• Возник в начале 30-х годов XX века: Магадан был основан в 1930 году.
• Морской порт в бухте Нагаева Охотского моря: Магадан является важным портом на Охотском море.
• Начальный пункт Колымского тракта: Магадан служит начальной точкой для Колымского тракта, который ведет вглубь региона.
• Судоремонтный завод и предприятия рыбной промышленности: В Магадане развиты эти отрасли.
• Связан с Центром только авиатранспортом: Магадан имеет ограниченные транспортные связи с остальной частью России и в основном связан авиационным транспортом.

Таким образом, субъект Федерации — это Хабаровский край, а город — Магадан.